„Jūros gelmėse" remiasi autentiška istorija. Filme atskleidžiama ispanų žvejo ir laivo mechaniko Ramono Sampedro gyvenimo istorija. 1969-siais jis patyrė sunkią stuburo traumą ir buvo paralyžuotas nuo kaklo iki kojų. Prie lovos prikaustytas vyras net 29 metus mėgino įteisinti...
Filmo filmavimo metu dingsta Ispanijos aktorius. Nors jo kūnas taip ir nerastas, policija daro išvadą, kad jis patyrė avariją ant skardžio krašto. Po daugelio metų paslaptis grįžta į šiandieną.